นายอรุณเคยทำงานเป็นอาจารย์สอนอิสลามศึกษาและภาษาอาหรับระดับซานาวีย์ ที่โรงเรียนมิฟตาฮุ้ลอุลูมิดดีนียะห์ (บ้านดอน) รวมถึงเป็นวิทยากรบรรยายศาสนธรรมให้แก่สถาบันและองค์กรต่าง ๆ

ปัจจุบันดำรงตำแหน่งเป็นอิหม่ามประจำมัสยิดดารุ้ลมุห์ซีนีน (สุเหร่าบ้านดอน) แขวงคลองตันเหนือ เขตวัฒนา กรุงเทพมหานคร, ประธานคณะกรรมการอิสลามประจำกรุงเทพมหานคร, รองประธานคณะกรรมการกลางอิสลามแห่งประเทศไทย, ประธานคณะผู้ทรงคุณวุฒิจุฬาราชมนตรี และอีกหลายตำแหน่ง นอกจากนี้ยังทำหน้าที่แปลหนังสือฮะดีษซอเฮียะฮ์ (จริยวัตรท่านศาสดา) 9 เล่ม, แปลหนังสือริยาดุซซอลิฮัน (จริยธรรมอิสลาม) 7 เล่ม และแปลหนังสืออัลฟิกฮ์ (นิติศาสตร์อิสลาม) 7 เล่ม[1]